1949年7月16—18日，著名基督教进步活动家吴耀宗在《大公报》上连载了《基督教的改造》一文，揭露了“帝国主义控制中国基督教会的事实”，提出“基督教必须把自己从资本主义、帝国主义的系统中挣扎出来，摆脱出来”，实行“早已提出过的自立自养自传的原则，变成一个地道的中国教会”。中华人民共和国成立前夕，吴耀宗和其他被邀请参加中国人民政治协商会议的基督教界爱国人士代表先后到解放区参观政治、经济建设情况，考察教会面临的形势和问题。中华人民共和国的成立给中国基督教会摆脱殖民主义、帝国主义的控制和影响，真正实现独立自主创造了条件。

1950年1月，当时仍由美英差会控制的中华基督教协进会在上海举行执委扩大会议，吴耀宗提出去掉以前教会中所有腐败的东西，实现基督教的“自立、自养”，得到了与会中国教会领袖的拥护和响应。是年春，吴耀宗和刘良模等组团访问各地教会后，与京、津部分教会人士谒见政务院总理周恩来。周恩来于5月2日、6日和13日，先后同他们进行了三次长谈。座谈中，基督教人士提到中国基督教曾有过自立、自养、自传的要求，周恩来对此表示赞许和支持。他指出，基督教最大的问题，是它同帝国主义的关系问题。基督教会必须肃清其内部的帝国主义影响和力量，割断同帝国主义的联系，强调宗教团体要独立自主，自力更生，建立自治、自养、自传的教会。

经过周总理三次长谈的启发，访问团决定发起“三自爱国运动”，于1950年7月28日形成《中国基督教在新中国建设中努力的途径》的宣言，提出要在政府领导下反对帝国主义、封建主义和官僚资本主义，为建设一个独立、和平、统一和富强的新中国而奋斗，要“促进一个为中国人自己所主持的中国教会”，实现中国基督教自治、自养、自传的光荣任务。这一宣言得到毛泽东的充分肯定，他要求各中央局及各省市委给予支持。9月23日，《人民日报》全文刊登宣言和首批1527人的签名，同时发表了题为《基督教人士的爱国运动》的社论，社论指出“这篇宣言是中国基督教一个有历史意义的文件”，三自爱国运动“是基督教人士应有的使中国基督教脱离帝国主义影响而走向宗教正规的爱国运动”。这一爱国运动迅速得到了广大爱国教徒的热烈响应，全国41万多名教徒陆续在公开信上签名，基督教三自爱国运动在全国蓬勃开展起来。9月23日随之成为中国基督教三自爱国运动的纪念日。

1950年10月18—25日，中华全国基督教协进会在上海举行第十四届年会，基督教爱国人士在中共和政府的支持下，通过了拥护《三自宣言》的决议，号召全国基督教徒签名拥护《三自宣言》。11月3日，上海市政府发布支持《三自宣言》的命令，要求各级政府对基督教界爱国人士征求签名工作应予保护，给以便利;如遇反动分子进行阻挠或阴谋破坏者，应依法处理。至1952年8月，上海基督教徒在《三自宣言》上签名者达28837人。市政府还减免实行三自的教会的房地产税，对多余房地产实行包租。

抗美援朝战争爆发后，美国冻结了中国包括基督教会在内的在美资金，致使当时尚依赖美国教会经费的中国教会陷入困难，这反而加强了中国教会走三自道路的决心。1951年1月19日，上海市军管会发布《关于执行政务院及华东军政委员会处理接受美国津贴的文化教育、救济机关及宗教团体的方针的决定》，对全市接受外(美)国津贴及外(美)资经营的天主教、基督教教会及附属学校、医院、救济机关等进行专门登记和接办等工作。至1953年，基督教外国传教士全部出境，19个外国差会全部撤离，外国津贴基本割断，教会学校、医院、救济机关全部被接办。

1951年4月，中国基督教界发表《中国基督教各团体代表联合宣言》，宣布“最后地彻底地永远地全部地隔断与美国差会及其他差会的一切关系，实现中国基督教的自治、自养、自传”，并筹组了吴耀宗等25人组成的“中国基督教抗美援朝三自革新运动委员会筹备委员会”，领导基督教的三自爱国运动，支持抗美援朝活动。随着三自爱国运动的深入开展，国内基督教教会和团体断绝了过去所接受的外国津贴，广大教徒受到了深刻的爱国主义教育，提高了反帝爱国的觉悟，积极参加各项反帝爱国运动和保卫世界和平运动，各教派之间、教会内教牧人员和教徒之间的团结日渐增强，教会呈现了新生的气象。

1954年7月22日至8月6日，中国基督教全国会议在北京召开。出席会议的有来自全国各地的代表232人，他们代表了62个教会和团体。会议通过了工作报告和《中国基督教会全国会议告全国同道书》，全体代表一致同意成立定名为“中国基督教三自爱国运动委员会”的领导机构，吴耀宗当选为主席，推选吴耀宗、陈见真、吴贻芳等139人为委员。

1955年4月，由爱国宗教界人士和教徒代表共同发起的上海市基督教三自爱国运动委员会成立。基督教三自爱国运动有坚强的组织保障，在全国范围内更加广泛深入地展开。1956年，三自爱国运动委员会第二次全体委员(扩大)会议发出“建设教会”的号召，指明中国基督教应该在实现中国教会三自、参加社会主义建设、为保卫世界和平而努力作出“三大见证”，并提出进一步巩固和扩大团结等“十项任务”。

1979年，上海的三自爱国组织先后恢复工作。1980年3月，中国基督教三自爱国运动委员会召开常委(扩大)会议，发出了以重建教会为中心内容的《告全国主内弟兄姊妹书》，并作出重印《圣经》、及早召开全国会议、恢复神学教育等决定。10月，第三届基督教全国会议召开，基督教三自爱国运动进入新的发展阶段，迈向了从自办教会到办好教会，即治好、养好、传好的新阶段。