自1979年全国人大发表《告台湾同胞书》以来，祖国大陆便积极呼吁开放两岸间“三通”(通航、通邮、通商)。尽管在各界巨大压力下，陈水扁当局被迫开放岛内民众来大陆探亲旅游、投资经商，却迟迟不开放两岸直航，导致两岸民众往来不得不中转港澳等地区，造成极大不便。

2002年10月底，国民党籍民意代表蒋孝严建议台湾当局在农历年时段，专案许可岛内航空器，以定点、定时、定对象的方式，往返上海、台北接运台商返乡过年，即“包机直航”。据当时的统计，每年春节约有30万台商自大陆返台。上海台商必须先从上海飞到香港或澳门，再转机回台湾，但港、澳到台北的机位只有14万个，约一半台商因订不到机位无法返乡过年。包机直航不但解决了机位不足的问题，而且由上海直飞台湾，会比从港、澳转机节省3个多小时。

包机直航案一经提出，立即在岛内引起反响，并在台湾立法主管部门获得各党派超过140人的连署。台湾企业界、民航业者对“包机直航”表达了迫切愿望。但是“包机直航”触动了台湾民进党当局在“三通”问题上的敏感神经。11月12日，台湾当局有关部门公布新闻稿，认为“包机直航”也是直航的一种，与整体直航所遭遇问题并无太大差异，“需对诸多公权力事项进行协商”，“绝不能因为是不定期的‘包机直航’而降低协商标准”，并以强调包机证照查验的法律问题复杂等种种理由进行干扰。民进党当局在春节包机问题上节外生枝，使事情变得复杂化。特别是有关部门官员分别站在政治、技术的不同层面各说各话，出尔反尔，引起舆论诸多质疑与抨击。

2002年10月30日，国台办发言人李维一就表示：“我们愿意采取积极措施，让台商以各种便捷方式返乡。”11月17日，中国民航总局台办主任浦照洲再次表明了祖国大陆对包机一事的基本立场，那就是“直接双向，互惠互利”。同时，希望台湾方面也接受并积极考虑大陆航空公司的申请。

在两岸对待包机的态度及意见大相径庭的情况下，为了避免包机提案胎死腹中，11月21日，蒋孝严带着台湾立法机构的有关人士和6家航空公司的代表到了北京，与大陆的民航部门进行磋商。大陆民航部门支持春节包机，并坚持要由双方业者参加与对飞，因为包机属于商业行为，商机应该公平分享。蒋孝严认为言之成理，无法否决，但他一再力陈当前实现的困难和复杂性。

当天下午，国务院台办主任陈云林会见了蒋孝严一行，对其推动两岸直接通航所作出的努力表示肯定。陈云林说：“在两岸实现直接通航之前，大陆的台商和家属希望在春节期间包机直航、返乡过年,是合情合理的要求，也是完全可以办到的事情。我们的希望和心里的要求是双向直航。如果台湾方面认为目前实行有一定困难，我们也愿意听取和考虑你们的要求。关于包机经停港澳的问题，我们认为完全没有必要。”

蒋孝严在回顾那场长达两个多小时的会谈时，感慨地说：“这次和陈主任的会晤，是这次包机能否成功的关键。在整个过程中，对方展现了具体的善意和弹性，做了相当大的让步。比如，把所谓‘政治问题’和‘政治符号’都予搁置或淡化，对困难度极高的‘证照查验’‘文件适用’等可能涉及‘国际国内法’的问题均采取了灵活变通的方法。”

11月26日，大陆将《民用航空运输不定期飞行申请程序》正式交由台北市航空运输商业同业公会转交给台湾各航空公司。

12月4日，台湾当局通过了《大陆台商春节返乡专案》，规定只允许台湾民航业者申请在春节期间以包机方式运载大陆台商回乡过年。包机的出发航点限于台北桃园机场或高雄机场，抵达机场只能是上海浦东机场或虹桥机场。包机来回都需在香港、澳门中途降落，乘客只能是大陆台商及其眷属。2002年12月23日至2003年1月初，台湾远东、华航、华信、立荣、长荣、复兴六家航空公司分别向大陆民航部门提出了包机申请。2003年1月3—7日，大陆民航部门全部批准了台湾民航的包机申请。

为了做好台湾6家航空公司的包机飞抵上海的准备工作，民航华东管理局专门组成了领导小组，加强了组织协调，拟订了具体方案，确保台湾包机安全正点。“上海”和“东方”两家航空公司这次承揽了台商包机的地面代理业务。

为了做好春节期间台商包机的通关验放，浦东机场海关为台胞的出入境准备了快捷便利的通关服务，确定了“专用通道、集中验放、优先办理、视情方便”的验放原则，对包机上空勤人员的行李物品给予集中申报的方便，并根据需要派员到机坪或登机桥办理通关手续;旅检现场设置专用通道，优先验放、办理包机台胞出入境物品的通关手续;对随行采访记者等有关人员的专业摄影、摄像器材等物品，海关也优先办理验放手续;同时，还制定了备降虹桥机场的验关方案。上海市台企协会也积极做好在沪台商购票服务工作，协会会议室更成了6家航空公司的售票处。

2003年1月26日凌晨3时55分，担负“台商春节包机”历史性飞行任务的台湾最大航空公司“中华航空公司”CI585客机从台北桃园机场起飞。经绕道香港，5个小时之后，上午8时52分，班机降落在上海浦东机场，成为自1949年后首架依正常途径飞临祖国大陆的台湾民航班机。备受关注的台商春节包机自此正式拉开帷幕。接载243名返乡过年的台商及眷属后，班机于上午11时自上海起飞，再经停香港后在下午3时41分返抵台北桃园机场。

与往常台商返乡不同的是，这次他们可以乘坐台湾的民航客机，一机到底，虽然飞机仍然要经由香港、澳门转停，但台商不用下机，也不用在港澳办手续，这样将可节省大约一个半小时的路途时间。虽然这不是真正意义上的直航，但毕竟是接近直航的一小步，由此引起海内外舆论的高度关注。

2004年，由于台湾当局坚持不合理的“单向单程”主张，两岸春节包机未能实施。2005年后，随着国共两党实现融冰，两岸直航面临新的契机和推动力量。2005年，春节包机实现两岸共同营运、双向直飞。2006年6月起，包机节日化。2008年7月起，包机周末化。2008年11月4日，海协会、海基会在台北签署四项协议，此后根据两岸协议，两岸于2008年7月开放常态化包机。2008年12月，两岸空运直航、海运直航、直接通邮正式实施。空运方面，两岸建立直达航路，实现空管直接交接，开办货运包机，大幅增加航点班次。2009年8月两岸空运直航由包机发展为定期航班。标志着祖国大陆努力推动30年之久的两岸全面直接双向“三通”得以实现。2010年6月14日，上海虹桥机场与台北松山机场航线正式开通，使两地“一日生活圈”更趋完善。而2003年春节的沪台包机直航就成为两岸“三通”的重要一步。